Obecnie wiadomo, że za chorobę tę odpowiadają bakterie Helicobacter pylori. Są one odpowiedzialne za ok. 80% przypadków choroby wrzodowej żołądka i ok. 90% dwunastnicy. Za odkrycie znaczenia bakterii dla zdrowia australijscy uczeni w 2005 r. zostali uhonorowani nagrodą Nobla.

Badania przeprowadzane nad chorobą po odkryciu znaczenia dla niej zakażenia bakteryjnego nie wykazały jednoznacznie związku stresu z jej powstawaniem. Wiadomo jednak, że czynnikiem zwiększającym ok. piętnastokrotnie ryzyko rozwoju choroby jest podwyższony poziom glikokortykosteroidów (czyli hormonów stresu) w połączeniu z niesteroidowymi lekami przeciwzapalnymi, do których należą takie popularne środki jak: paracetamol, ibuprofen czy aspiryna. Częstość ich przyjmowania w Polsce (jedna z wyższych w świecie), wraz ze wszechobecnym stresem, może sprzyjać zapadaniu na tę dolegliwość. Dowiedziono także, że stres ma silny negatywny wpływ na przebieg leczenia.